Bahan yang digunakan untuk mengambil sampel eDNA menggunakan arus. Kredit: Steve Copp
Dolly Varden adalah spesies ikan langka yang ditemukan di daerah aliran sungai Nooksack di barat laut negara bagian Washington. Meski membawa pancing, alat utama pilihan para relawan Trout Unlimited adalah alat pengambilan sampel DNA lingkungan (eDNA). Alat ini memungkinkan mereka menyimpulkan keberadaan spesies dari jejak genetik di dalam air.
Relawan mengumpulkan setiap sampel dengan mengalirkan air melalui filter. Mereka kemudian mengirim kertas saring ke laboratorium dan menerima hasil ya atau tidak untuk setiap spesies yang diteliti.
Selama lebih dari satu dekade, Pusat Genomik Nasional untuk Margasatwa dan Konservasi Ikan telah bermitra dengan Trout Unlimited dan lainnya untuk melakukan studi eDNA di seluruh daerah aliran sungai.
Namun saat ini, para relawan sangat bersemangat karena mereka kini memiliki alat baru di saku belakang mereka. Sampel yang mereka kumpulkan tidak hanya akan digunakan untuk menginformasikan mereka tentang Dolly Varden, tetapi juga akan diproses menjadi “biochip” baru yang sekaligus mencari tanda-tanda 10 spesies lainnya.
Alat baru ini akan memberikan data berkualitas tinggi tentang keberadaan sekumpulan ikan yang paling penting secara ekologis dan sosial di Pacific Northwest: ikan trout banteng, ikan trout pelangi (ikan trout baja), ikan trout kejam pesisir, ikan trout sungai, salmon merahsalmon chinook, salmon coho, salmon chum, salmon merah muda, dan lamprey Pasifik.
National Genomics Center membuat biochip ini untuk mengisi kesenjangan penting: menemukan cara untuk menganalisis sampel air untuk berbagai spesies yang hemat biaya dan akurat.
“Standar emas” untuk analisis eDNA adalah PCR kuantitatif (qPCR), dan meskipun para ilmuwan dapat menggunakan metode ini untuk menganalisis sampel air tunggal untuk beberapa spesies secara berulang, biayanya mahal. Beberapa metode lain dirancang untuk analisis multispesies (misalnya metabarcoding), tetapi pendekatan ini umumnya menghasilkan presisi yang lebih rendah dibandingkan qPCR.
Teknologi biochip menggunakan HT-qPCR untuk menghasilkan hasil yang sangat mirip dengan qPCR dengan lebih efisien. Seberapa mirip? Berdasarkan hampir 700 analisis paralel, National Genomics Center menemukan bahwa kesesuaian antara biochip dan qPCR spesies tunggal adalah >90%, kira-kira sama dengan variasi antara pengujian qPCR.
Keuntungannya adalah setiap analisis menggunakan sampel yang lebih sedikit, reagen yang lebih sedikit, dan waktu yang lebih sedikit; Pada akhirnya, biayanya kurang dari 40% dari kebutuhan data yang sama dengan qPCR spesies tunggal.
pekerjaan itu adalah diterbitkan di dalamnya Jurnal Perikanan dan Ilmu Perairan Kanada.
Informasi lebih lanjut:
Joanna W. Elmore dkk, Pemandangan sungai dalam sebuah chip: qPCR dengan throughput tinggi memungkinkan penilaian perikanan di seluruh wilayah sungai, Jurnal Perikanan dan Ilmu Perairan Kanada (2024). DOI: 10.1139/cjfas-2024-0143
Disediakan oleh
Dinas Kehutanan USDA
Kutipan: Biochip untuk mendeteksi ikan menggunakan eDNA (2024, 16 Desember) diambil 16 Desember 2024 dari https://phys.org/news/2024-12-biochip-fish-edna.html
Dokumen ini memiliki hak cipta. Terlepas dari transaksi wajar untuk tujuan studi atau penelitian pribadi, tidak ada bagian yang boleh direproduksi tanpa izin tertulis. Konten disediakan untuk tujuan informasi saja.